随着农户种植模式、施肥用药习惯的转变，农作物生产中出现了许多新问题，为了应对新问题，用户将注意力转向了微生物肥料产品。
目前，微生物肥料包括微生物接种剂(微生物菌剂)、复合微生物肥料(菌肥)、生物有机肥(菌肥)三类。
在使用过程中，微生物肥料在提高土壤生物肥力，防控根部病害，提高产品品质的作用显著，但是也有用户反映效果不稳定，同一批次的品种在不同作物、不同时期、不同用量的情况下效果差异很大。
使用生物菌肥必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，护根菌剂厂家，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，护根菌剂使用方法，而且能促进菌群的形成，山东护根菌剂，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用
生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀部分微生物菌，降低肥效。
生物有机肥。指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为原料并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。发挥了生物菌“解”的作用，本身又供应了各种营养，是生物菌应用上的一大进步。
微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根，作基肥、追肥，沟施或穴施。在蔬菜上使用微生物肥料，主要目标是防治根部病害。如枯萎、黄萎、立枯、疫霉根腐、腐霉根腐等。特点是解决蔬菜死棵问题，除用甲火完等处理土壤，用杀菌剂早做预防外，使用微生物肥料是预防根部病害理想的新方法之一。目前在我国蔬菜上应用的微生物肥料种类繁多，效果各异。如“朱氏山大”生物有机肥等。
