间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高6辛，生物素。结合地高6辛抗6体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高6辛标记核酸的历史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的地高6辛抗6体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高6辛抗6体上可耦联碱性磷酸酶、过氧化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的核酸检测结果。但需注意，由于引入了免6疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。
通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同RNA序列的多重检测。
原位杂交是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或***切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精0准确定量***的过程。原位杂交可以在细胞标本或***标本上进行。
原位杂交（in situ hybridization）将标记的核酸探针与细胞或***中的核酸进行杂交，称为原位杂交。
使用DNA或者RNA探针来检测与其互补的另一条链在***或其他真核细胞中的位置。
另一种多聚体促进剂是聚丙0烯0酸，用其钠盐，浓度为2%～4%。与***葡聚糖相比，其优点是价格低廉，粘度低（MW=90 000）。小分子化学***酚和Guandine thiocyanate也能促进杂交，它们可能是通过增加水的疏水性和降低双链和单链DNA间的能量差异而发挥作用。酚作为杂交促进剂，原位杂交，只能在低DNA浓度的液相杂交中观察到，该方法曾被称为酚乳化复性技术，该法不能用于固相杂交，因酚可引起核酸与膜的非特异吸附作用，即使在液相杂交中的应用也是有限的。而Guandine thiocyanate可通过降低双链DNA的Tm值而起作用。此外，该分子还可以促进RNA的杂交，有裂解细胞而***RNase的作用。总之，***葡聚糖和聚乙二醇因能用于固相杂交是目前***常用的杂交促进剂。
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