随着***组测序、分子生物学检测手段的快速发展,PCR和荧光定量PCR实验,正在越来越多的实验室应用。然而,PCR作为一种高灵敏度的检测手段,PCR的实验结果也容易被各种无关的外源性DNA或RNA所干扰。
PCR实验室中,很容易发生DNA的交叉污染,污染通常来自于离心管、移液器和其他试验设备产生的DNA气溶胶,或DNA溶液污染桌面,或吸样不慎将样品或模板核酸吸入内。据估算,一个气溶胶颗粒可含48000个DNA拷贝。 因此,为保证PCR试验的数据准确,避免交叉污染,应定期对PCR实验室做DNA污染情况的监测。
DNA提取过程中各种***的作用及原理
溶液I—溶菌液:
溶菌酶:它是糖苷水解酶,能水解菌体细胞壁的主要化学成分肽聚糖中的β-1,4糖苷键,因而具有溶菌的作用。当溶液中pH小于8时,小RNA表达载体,溶菌酶作用受到***。
葡萄糖:增加溶液的粘度,维持渗透压,防止DNA受机械剪切力作用而降解。
EDTA:
(1)螯合Mg2+、Ca2+等金属离子,***脱氧核糖核酸酶对DNA的降解作用(DNase作用时需要一定的金属离子作辅基);
(2)EDTA的存在,有利于溶菌酶的作用,因为溶菌酶的反应要求有较低的离子强度的环境。
水中微生物DNA提取***盒,样本制备步骤。
步骤1. 样本过滤
1.1 从***盒中小心取出滤膜。用水样润湿滤膜。
1.2 将滤膜放置在滤器中,并过滤必要体积的水样。
步骤2. 菌体裂解
* 提前准备:预先将恒温仪设置到70℃,将恒温箱设置到37℃。
2.1将样本过滤后的滤膜翻转放置到***盒提供的IncubationDish(平皿)中。
2.2 吸取2mllysis buffer(裂解液),并加到滤膜上。
2.3 将滤膜浸泡在裂解液中,小心摇匀平皿并在37°C孵育30分钟。
2.4 用平皿中的裂解液冲洗滤膜,并摇晃平皿10秒钟。
2.5 将平皿中的400μl裂解液转移至IncubationTube(孵育管),70°C孵育10分钟。
2.6 样本短暂离心,并加入400μl Binding Buffer(结合液),立即涡旋充分混匀,以防止DNA沉淀。请勿离心样本,并立即进行下一步。
步骤3. DNA提取
3.1 将步骤2.6中的混合液(~800μl)转移到CollectionTube(收集管)内的SpinColumn(离心柱)中,小心液体不要沾到离心柱的边缘。
3.2 离心柱离心≥10000× g,1分钟。弃掉收集管中的液体。重新将离心柱插到原有的收集管中。
3.3 离心柱中加入500μl洗液1。离心≥10000×g,1分钟。弃掉收集管中的液体。重新将离心柱插到原有的收集管中。
3.4 离心柱中加入500μl洗液2。离心≥10000×g,1分钟。弃掉收集管中的液体。将离心柱插到一个新的收集管中。
3.5 ***大速度离心3分钟,以去除残留的洗液2。
3.6 弃掉收集管。
3.7 吸取60μl已70℃预热的洗脱液,直接加到离心柱的硅胶膜上。硅胶膜表面应全部覆盖洗脱液。
3.8 室温静置2分钟,然后离心8000×g,2分钟,以洗脱DNA。
3.9 样本保存管中的洗脱液即包含DNA,可直接用于PCR,或储存在2~8℃,可存放1周。长期储存是在≤-18℃。
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