位点特异性重组法
这类方法使用来源于噬菌体的重组酶，这类重组酶能够识别特异性序列位点(长度数十碱基对至数百碱基对)并引发含有该位点的序列之间的重组；在腺病毒骨架和穿梭质粒中添加重组酶能够识别的特异性位点，在细胞内表达对应的噬菌体重组酶或体外使用重组酶，介导骨架质粒和穿梭质粒之间的位点特异性重组，将目的***引入骨架质粒，形成带有重组腺病毒***组的腺病毒质粒；转染包装细胞，进行病毒载体拯救。该方法进一步简化了腺病毒质粒的制备过程，它的缺限是在腺病毒***组的某些部位不可避免的残留了重组酶特异性识别位点。
腺病毒载体的构建经历了体外直接连接、包装细胞内重组、***内重组、位点特异性重组4个发展阶段，同时随着分子生物学技术的发展，改进的体外连接法又得到应用。
体外连接法。这种方法需要全长腺病毒***组和一个含腺病毒***组左末端序列的质粒，包括左端反向末端重复(Inverted terminal repeat，ITR)、包装信号和E1A的增强子序列。将目的***克1隆到质粒的病毒序列下游，ClaI酶切获得含目的***的***组左末端，腺病毒提取，连接到ClaI酶解的野1生型腺病毒***组(ClaI在病毒***组仅有一个酶切位点，位于E1A***内部)，将得到的含目的***的的***组DNA直接转染包装细胞293，产生重组病毒颗粒。这种方法需要培养野1生型腺病毒以提取病毒***组，能够使用的酶切位点仅有一个，连接效率低，而且仅删除了部分E1A***，外源***载量有限，所以现已淘汰不用。
腺病毒表达
腺病毒系统是很受欢迎的可以在任何哺乳动物细胞中有效瞬时表达的***递送平台。对于难转染的细胞，如原代或非分裂细胞，采用病毒递送外源***的方式是非常有效的选择。钟鼎生物采用293A腺病毒包装细胞系（含有腺病毒包装所必需的E1***序列，是专为生产腺病毒和进行滴度测定而建立的），用于高滴度的copy缺陷型（E1和E3缺失）腺病毒的生产，以进行外源***的表达。腺病毒感1染几乎所有的细胞类型，除了一些抗腺病毒感1染的淋巴1瘤细胞。腺病毒是研究原代非增殖细胞***表达的***佳系统，它可以使转化细胞和原代细胞中得到的结果直接进行对比；不整合到染色体中，无插入致突变性。能有效进行增殖，滴度高：腺病毒系统可产生108 pfu/ml原液，浓缩后可达1010-1011 VP/ml，这一特点使它非常适用于***cure。
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