PCR出现假阴性
不出现扩增条带。PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及Br乙锭的使用， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶***1剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。⑤模板核酸变性不。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应 固定不宜随意更改。
PCR技术不仅可用于基础研究，还适用于日常的临床诊断、法***调查和农业生物技术研究。这些应用要求可靠的性能、及时的灵敏度和严格的标准。因此，所使用的PCR仪和PCR***必须符合这些要求和目的。
分子诊断应用包括***检测、致***突变检测以及感1染性***检测。在法***中，利用 PCR进行人类身份鉴定是通过对特别的短串联重复序列（STR）进行扩增而区分个体的。在农业学中，粗提物定量PCR***，PCR在食物病原体检测、育种植物***分型和 GMO测试中具有重要作用。
分子克1隆
PCR被广泛应用于目标DNA部分片段的克1隆，该技术被称为 PCR 克1隆。在直接PCR克1隆中，DNA（如，gDNA、cDNA、质粒DNA）的目标区域被扩增并插入到特殊设计的兼容载体中。
除了制备插入片段，PCR也是一种在在克1隆后筛选克1隆是否携带目标插入片段的有效方法。引物经过设计，可以用于确定载体中插入片段是否存在和插入方向。
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