染色体畸变也在分子水平上得到说明。自发突变频率之所以较低是因为生物机体内存在比较完善的修复系统。修复系统有多种形式，Ras(G13D) Antibody，如光修复、切补修复、重组修复以及SOS修复等。此外，修复也是有条件的，并非每个机体都存在修复系统。而只要生物体中存在着修复系统，那么它就有利于保持遗传物质的稳定性，从而使信息传递的度得以提高。
利用重组DNA技术使DNA分子在位置上发生特定的变化，从而收到定向的诱变效果。例如将DNA分子用某一种限制性核酸内切酶处理，再用分解DNA单链的核酸酶S1处理，以去除两个粘性末端的单链部分，然后用噬菌体T4连接酶将两个平头末端连接起来，这样就可得到缺失了相应于这一限制性内切酶的识别位点的几个核苷酸的突变型。相反地，如果在四种脱氧核苷三磷酸(dNTP）存在的情况下加入 DNA多聚酶Ⅰ，那么进行互补合成的结果就得到多了相应几个核苷酸的两个平头末端。在T4接连酶的处理下，便可以在同一位置上得到几个核苷酸发生重复的突变型。
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