晒干施用肥效损失大。有的地方习惯将粪肥在太阳下晒干或施在表土，导致氮素挥发损失，磷钾也会流失大半，而且污染环境。有的地方在采用秸秆还田作微生物大豆有机肥源时，因发酵腐烂不充分，又过于集中施用稻株行间，使稻根变黑，大豆肥价格多少，禾苗迟发，日照大豆肥，不及时补救会出现僵苗，引起减产。遇到这种情况，应立即排水晒田，在排水晒田后及早喷施复硝酚钠等促进根系生长的生长调节剂，并加1%磷酸二氢钾和1%尿素混合喷雾。
⑤使用发酵大豆，可以减少复合肥的用量60%到80%适用范围：蔬菜瓜果、果树、大姜、草莓、棉、油、茶、桑树；***、花卉等。除此以外，它里面的蛋白质和脂肪在微生物螯合深度发酵工艺中，就能产生大量的芳香风味物质，等在施用以后就可以种出原汁原味的农产品，真的是供不应求啊。从另一个角度来看的话就可以取得良好的经济收益。控制旺长、矮壮植株、保花保果、增加分枝、荚多粒饱、增产增收！
有些发酵大豆有机肥的使用效果确实不错，但无论是有证生产还是无证生产，从市场反馈回来的信息都有不少关于农作物出现出现各种问题或效果不明显的情况，大豆肥厂家，甚至有些业务员过多向用户列举发酵大豆有机肥的各种***，但未能在种植过程中体现出来，这对农户对是否值得继续使用发酵大豆有机肥打上了一个大大的问号。
部分企业为了有利于销售业绩，顺应种植户使用习惯，大豆肥多钱一吨，然后将发酵大豆有机肥制粒，造粒工艺绝大多数要经过高温烘干，烘干过程中会损伤发酵大豆有机肥中的有益菌，并且燃烧部分有机质，降低肥效。
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