微生物菌剂主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。另外，在微生物菌剂的帮助下会产生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物微生物菌剂使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮***的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病（虫）能力。
5、增强植物的抗逆能力：有些生物微生物菌剂施用后，在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长过程的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
6、提高作物品质。
乳酸菌、嗜酸乳、凝结芽孢、枯草芽孢等可提高果实中必需氨基酸（赖氨酸和蛋氨酸）、***B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。
7、调节作物生长：生物微生物菌剂中的微生物在土壤中能释放如生长素、赤等，能够调控作物生长，进而有提高产量的效果。
枯草芽孢（Bacillus subtilis）是芽孢属的一种革兰氏阳性菌，无荚膜，周生鞭毛，能运动，可形成内生抗逆芽孢，芽孢椭圆到柱状，位于菌体***或稍偏，芽孢形成后菌体不膨大，在琼脂培养基表面形成粗糙不透明、污白色或微***的菌落，是一种需氧菌。枯草芽孢生长速度快，对营养要求比较低，能分泌许多蛋白及代谢产物，且其不会产生，是一种无致病性的安全微生物。
枯草芽孢，是芽胞属的一种。菌体在生长过程中会产生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短肽等活性物质，这些活性物质对致病菌或内源性的条件致病菌有明显的***作用。就枯草芽孢的生理特性来说，它能分泌一种酶叫植酸酶，而植酸酶能降解土壤中大部分的植酸盐，为植物生长提供需要的营养，同时枯草芽孢还能产生生长素，促进植物的生长。
所以在考虑将其发酵制成菌剂用于农林业时，枯草芽孢还具有以下作用：
1、提高作物抗病、抗寒、抗旱能力；
2、改良土壤团粒结构、提高化肥利用率、减少化肥的使用；
3、促使土壤中的有机质分解成腐殖质，刺激作物生长。
4、促进作物生长、成熟、降低成本、增加产量、提高收入；
5、解磷、解钾、固氮、有效的增加土壤中植物可吸收的养分。