水力负荷这是重要的一条，需要循序渐进。水力负荷太低，会导致大量分散污泥过度生长，从而影响污泥的沉降性能，颗粒污泥价格，甚至会导致污泥膨胀。但水力负荷过大，会对颗粒污泥造成剪切并会剥落未聚集细胞体的胞外多糖粘滞层而阻碍粘附聚集。因此，在启动初期，应采用较小的水力负荷(0。05-0。1m3/㎡?h)使絮体污泥能够相互粘结，向集团化生长，有利于形成颗粒污泥的初生体。
微量元素及惰性颗粒微量元素对微生物良好的生长也有重要作用。其中Fe，Co，Ni，Zn等对提高污泥活性，促进颗粒污泥形成是有益的。此外，惰性颗粒作为菌体附着的核，对颗粒化起着积极的作用。另外，有研究表明，投加活性炭可大大缩短污泥颗粒化的时间;在投加活性炭后颗粒污泥的粒径大，并使反应器运行更加稳定。一般来说，对接种污泥无特殊要求，但接种污泥的不同对形成颗粒污泥的快慢有直接影响。
pH值、温度等运行控制条件出现严重偏差由于厌氧污泥中产甲1烷菌对其生存条件的要求比水解酸化菌苛刻的多，所以当反应器的pH值或温度的控制范围出现很大的偏差，就会使产甲1烷菌的产甲1烷能力受到严重影响，而水解酸化菌所受到的影响却远远小于产甲1烷菌，其结果同样会导致厌氧反应器发生酸化现象。在完成厌氧污泥装车后，可采用静置、搅拌、晃动的方法，尽量排净污泥上层的污水，以保证足够的污泥浓度。
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