微生物菌剂主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。另外，在微生物菌剂的帮助下会产生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物微生物菌剂使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮***的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病（虫）能力。
5、增强植物的抗逆能力：有些生物微生物菌剂施用后，在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长过程的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
6、提高作物品质。
乳酸菌、嗜酸乳、凝结芽孢、枯草芽孢等可提高果实中必需氨基酸（赖氨酸和蛋氨酸）、***B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。
7、调节作物生长：生物微生物菌剂中的微生物在土壤中能释放如生长素、赤等，能够调控作物生长，进而有提高产量的效果。
解淀粉芽孢在环境保护方面的应用
添加1×105 CFU/g复合芽孢(枯草芽孢和解淀粉芽孢比例为1∶ 1)对草鱼生长、肠黏膜功能及养殖水体水质的影响，结果表明在饲料中添加芽孢可改善养殖水质，增强消化酶活性、机体和肠黏膜功能，显著促进草鱼生长，并降低率。孙笑非等[29]从新鲜猪粪中分离得到1株解淀粉芽孢，具有耐酸和猪胆汁的特点。沈涛等[30]研究表明：解淀粉芽孢与枯草芽孢以1∶ 1比例混合饲喂草鱼，可显著提高草鱼肠道内容物胰蛋白酶活性和肝脂肪酶活性，显著提高肠道芽孢数量，显著降低弧菌和大肠数量。曹海鹏等[31]研究了水产养殖用解淀粉芽孢微的安全性，结果表明:解淀粉芽孢微实际***，对养殖水中氨氮、亚氮、硫化物和pH等理化因子的影响均控制在水产养殖动物的安全浓度范围内，研究结果为解淀粉芽孢的安全应用提供了重要的科学依据。
枯草芽孢具有的抑菌活性，对多种植物病原菌具有***作用，还可以定殖在植物体上，发挥长效的作用，广泛用于植物病害的防治领域。1000亿CFU/g枯草芽孢是以耐热、抗旱、抗紫外线的休眠体芽孢为有效成份的新型生物杀菌剂，将微生物发酵形成的芽孢包，具有、缓释、保质期长的特点。对作物的立枯病等土传病害具有很好的防治效果。