反渗透系统的杀菌主要有两种添加方式：间断连续少量添加杀菌剂、定期冲击式大剂量添加杀菌剂
1、连续少量添加杀菌剂
在反渗透系统日常运行时，利用加药装置以较低浓度3-5PPM（即每吨进水3-5g)对反渗透系统进水连续添加杀菌剂进行杀菌，添加量可以根据微生物的含量波动进行调整，这种方式即可***菌藻的代谢功能，反渗透处理设备***，避免微生物在膜通道表面附着，从而有效防止微生物危害的发生。
2、定期冲击式大剂量添加杀菌剂
在反渗透系统运行5-7天，利用加药装置以较高浓度10-30PPM（即每吨进水加30-50g)作用1-3小时对反渗透系统进水间歇添加杀菌剂进行杀菌，反渗透处理设备供应商，可逐步缓慢***RO膜的表面已经形成的生物膜垢和预处理系统的生物***污染，使其脱落随浓水排出系统，也可用于配制反渗透系统停机保护液。
反渗透设备出水量变小出现这种情况的反渗透设备，其进水一般为井水、河水、地下水等自然水体，这类水体未经处理，其杂质较多，水质较差，反渗透处理设备供应，很容易造成反渗透膜的堵塞，这时可以反渗透膜的清洗剂对反渗透膜进行化学清洗。为了避免膜的堵塞，应增加预处理的反冲洗次数及经常更换精密过滤器的滤芯，原水必须软化或加入阻垢剂后才能进入膜单元。
反渗透膜分离技术，由于它具有物料无相变、相对能耗低、除盐效果好、处理工艺成熟可靠，设备简单、自动化程度高，易于运行和管理等优点，近几年来在许多行业得到广泛的应用。但是，目前反渗透技术一般的设计产水率为75%，实际产水率更低，大约会产生30%的浓盐水。若原水是水质非常差的地下苦咸水，或者海水，浓水产生量会更大，杭州反渗透处理设备，可能达到50%。当前很多反渗透工艺产生的浓水都不经处理直接排放，造成水资源和能源的浪费，同时对周围的环境造成污染。针对反渗透浓水，当前的研究主要围绕三个目的展开：减量化——优化反渗透工艺设计，减少浓水的产生量；无害化——针对反渗透浓水直接排放可能对环境造成危害这一状况，探索经济有效的处理手段，将危害减轻；资源化——探索反渗透浓水再利用的途径，变废为宝。事实上，反渗透浓水的回用需要考虑多种因素，这三个目的都不是孤立的，而是需要综合考虑，互为补充。
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