与其他芯片制作技术相比较，微珠芯片具有如下优势:
(1) 密度高微珠芯片的点样密度是原位光合成法的16倍，载玻片氨基化处理方法，喷点法的100倍，接触式点样的400倍。
(2)测试重复性好鉴 于超高密度的特点，微珠芯片中每个样品都能保证约30个重复，从而保证测试的高重复性、高重复串以及高可靠性。
(3)定制方便若需要在已完成的芯片中增加测试点或新***，只要合成相应的微珠加入到微珠混合池中即可。
(四)***芯片数据分析
***芯片分析包括五个基本步骤:生物学问题、样品制备、生***学反应、检测、数据模型分析。***芯片数据分析包括两部分，数据可靠性分析和生物学意义分析。
原位合成法主要为光引导聚合技术，它不仅可用于寡聚核苷酸的合成，什么是氨基化处理，也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术（ photolithography ）与传统的核酸、多肽固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法，技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。
使用广泛的氨基和羧基偶联剂就要数EDC和NHS（Sulfo-NHS）了。大多数情况下，同时使用EDC/NHS的交联于只使用EDC的，广东氨基化处理，NHS的使用能够极大增强偶联效率。但也有个例，比如2012年的一篇工作（Diagnostics (Basel). 2012 Aug 27;2(3):23-33.），他们在APETS修饰的金芯片和96孔板表面组装一抗，发现单独使用EDC比同时使用EDC/NHS和EDC/Sulfo-NHS都。
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