餐厨垃圾的肥料化处理方法主要包括好氧堆肥和厌氧消化两种。好氧堆肥过程是在有氧条件下，利用好氧微生物分泌的胞外酶将有机固体分解为可溶性有机物质，在渗入到细胞中，通过微生物的新陈代谢，实现整个堆肥过程。同时，由好氧堆肥引申出一些类似的方法，如蚯蚓堆肥是近年来发展起来的一项新技术，利用蚯蚓吞食大量厨余垃圾，并将其与土壤混合，通过砂囊的机械研磨作用和肠道内的生***学作用将有机物转化为自身或其他生物可以利用的营养物质。
餐厨垃圾的厌氧消化处理是指在特定的厌氧条件下，微生物将有机垃圾进行分解，其中的碳、氢、氧转化为***和二氧化碳，而氮磷、钾等元素则存留于残留物中，并转化为易被动植物吸收利用的形式。
在肥料化处理过程中，好氧堆肥处理可以利用机械化设备来控制过程中的湿度、温度及含氧量等条件，为微生物处理提供***优及稳定的环境。如苏州鸿本餐厨垃圾处理机设备就是利用好氧微生物降解菌产生多种酶，如蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、壳素酶、纤维素酶、氧化酶、水解酶等，对餐厨垃圾（包括果皮、菜叶、菜根、鸡鸭鱼肉边角料、食品残渣等）进行快速分解，在有氧的情况下，微生物降解菌可使96%的厨余垃圾转变为热能、二氧化碳、水及少量的有机废气，有机废气通过除臭净化装置净化，***后二氧化碳、水蒸气以及有机废气均以气体的形式无害排放，真正实现厨余垃圾的快速减量化、无害化、资源化处理。