生物肥料（微生物肥料）的种类较多，按照制品中特定的微生物种类可分为菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、线菌肥料（如抗生菌肥料）、菌类肥料（如菌根菌）；按其作用机理分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或联合共生类）、解磷菌类肥料、硅酸盐菌类肥料；按其制品内含分为单一的微生物肥料和复合（或复混）微生物肥料。复合微生物肥料又有菌、菌复合，也有菌和各种添加剂复合的。
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肥料处理编辑有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，但是上海有机蔬菜肥料是采用EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。EM堆腐法EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合***、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
其他肥料此外还有泥肥、熏土、坑土、糟渣和饼肥等。土肥类应经存放和晾干、糟渣和饼肥经腐熟后用作基肥。
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堆制方法，按原料的不同，分高温堆肥和普通堆肥。高温堆肥以纤维含量较高的植物物质为主要原料，在通气条件下堆制发酵，产生大量热量，堆内温度高（50～60℃），因而腐熟快，堆制快，养分含量高。高温发酵过程中能杀其中的病菌、虫卵和杂草种子。普通堆肥一般掺入较多泥土，发酵温度低，有机肥发酵厂家***，腐熟过程慢，堆制时间长。堆制中使养分化学组成改变，碳氮比值降低，有机肥发酵生产厂家，能被植物直接吸收的矿质营养成分增多，并形成腐殖质。
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