当***长期补充益生菌时，益生菌就会在肠道内大量繁殖，与***菌作斗争，能******菌的生长，维持肠道生态平衡，产生***生物保护屏障，提高机体抗病力，抵细胞生长，促进皮肤健康，祛病强身，美容***，。特别是乳酸菌、醋酸菌、酵母菌，在体内能产生大量的葡萄酸、氨基酸、***、酵素等160多种有益物质，改善肠道循环，增体肠胃功能。具体表现为睡眠质量显著提高，改善大便气味通畅，食欲明显增强、精力充沛、精神振奋、皮肤红润光泽健康。
1.整肠作用：可使肠道维持偏酸环境，促进肠道蠕动，防止、宿便，另外还可防止***菌在肠道及分泌，避免下痢的发生，维持胃肠道机能健康。
2.吸收：促进营养容易被吸收，同时还增加了***B群，可帮助钙、磷的吸收，预防骨质疏松。
3.降低肠道***病变的机率：现代人喜欢吃肉类、不常吃蔬果，导致某些***菌产生的酵素，会使大肠内的致***原转变成致***物质，因而提高的发生率。乳酸菌可减低这些***物质的活性，研究显示乳酸菌可藉由其细胞壁上的多糖成分，强烈吸附肠内这些***的致***突变性物质，并加速排出这些，降低的发生机率。
4.改善乳糖不耐症的代谢障碍：可分泌乳糖酵素将肠内乳糖代谢分解，对乳糖不耐症(即喝牛奶会拉肚子)患者有改善作用。
中含有益生菌，牛奶喂养儿比喂养儿肠道中***菌的比例要高很多，梭菌、肠的检出率高，这也从其粪便的差异性反映出来。跟踪研究发现，这种***菌比例较高的情况会导致孩子长大发生、腹泻，远远高于喂养儿。给非喂养儿经常补充益生菌，就能减少非喂养的不利影响。
主要是由于药不能识别***菌和有益菌，它在致病菌的同时，也了有益菌，导致肠道菌群失调。美国的Nancu T. Williams于2010年明确指出，益生菌制剂与口服药联用时，应在服用药后至少2小时再服用益生菌制剂。其原因是2小时后药基本入血，避免了药与益生菌直接接触，影响益生菌的活性。