组织的ISO9001认证分为一阶段审核和二阶段审核，第一阶段审核的时机主要体现在：认证机构在受理审核ISO9001认证申请以后，经过合同评审，按照受审核方的审核范围和专业特点组建审核组并通知受审核方，至此审核组工作开始启动，即可进人第一阶段审核，第一阶段审核通常包括在文件审核基础上的现场审核。对ISO9000认证持续改进的安排，组织应通过策划作出具体规定，充分运用持续改进这一基本原则。
在特定情况下，第一阶段审核可不在组织的现场进行，前提是不得降低审核内容及深度要求：
1、受审核组织规模及现场范围很小，其产品生产工艺简单。
2、ISO9001认证机构对申请组织的机构、过程、资源、重要影响因素及其控制方式等己有充分的了解(如组织己依据其他标准被同一机构认证)，认为具备认证审核的条件。
3、ISO9001认证审核组有充分的资源保证，在受审核方的配合下，可确保一个阶段的审核(即在同一时间段内)满足审核深度的要求。
ISO9000认证审核员应熟悉组织的业务过程(包括过程的输入与输出)。应按照组织的业务过程，开展审核的策划与实施，确认具体过程中的活动的管理(包括策划、实施与控制是否满足标准中适用的相关要求)，并按照ISO9001：2000 4．1条款的要求作为对企业质量管理体系进行综合性评价的指导思想。应以PDCA循环的思路，关注过程结果与体系的有效性。这对于确保审核的深度是非常有益的。对于新版标准来说，按照条款实施审核的方法可能不 适用了，ISO9000认证中的一些与管理职责、资源等方面要求有关的职能的实施及结果，可能包括／体现在组织的业务过程(例如内部沟通)中。通过质量管理体系的运行降低成本、提高效率和效益的作用，通过持续改进质量管理体系业绩，促进企业提高效率和效益，使持续改进成为企业提高整体效率和效益的一个动力源。这就需要审核员根据整个审核过程所观察到的证据，在综合分析的基础上作出判断。
在编制ISO9001认证审核方案时，应根据本组织的规模、性质与复杂程度以及下列影响因素确定或调整ISO9001认证审核方案的内容：
1、每次审核的范围、目的和期限;
2、ISO9001认证审核的频次;
3、受审核活动的数量、重要性、复杂性、相似性和地点;
4、标准、法律法规和合同的要求及其他审核准则;
5、认可或认证/注册的需要;
6、以往的ISO9001认证审核结论或以往的审核方案的评审结果;
7、语言、文化教育和社会因素;
8、相关方的关注点;
9、组织或其运作的重大变化。
ISO9000认证现场审核中，对最高管理者和领导层的审核主要体现在高层管理者座谈和审核情况通报会上。以下从这两个方面的具体操作，提出个人意见供参考。高层管理者座谈与验证 相当一部分受审核方的最高管理者和管理层成员对贯标认证的目的理解和认识上还有偏差，对标准不够清楚，对体系建立、保持没有给予应有的关注，没有完全进入角色。ISO9000认证咨询老师很难有机会与受审核方领导层成员（管理者代表除外）特别是最高管理者进行有效沟通。描述向题需要"五化"：细分化、具体化、明确化、主体化、客观化。在这样的背景下，开好高层管理者座谈会尤为艰巨和重要。
咨询师要对以下各项过程的ISO9000认证咨询工作的内容进行有效的策划：
1、对企业诊断咨询工作进行有效的策划。
2、对企业业务流程确认咨询工作进行有效的策划。
3、对企业的ISO9000认证质量管理过程咨询工作进行有效的策划。
4、对企业的营销管理过程咨询工作进行有效的策划。
5、对企业生产管理过程咨询工作进行有效的策划。
6、对企业采购管理过程咨询工作进行有效的策划。
7、对企业服务管理过程咨询工作进行有效的策划。
8、对企业的ISO9000认证基础设施管理过程咨询工作进行有效的策划。
9、对企业技术管理过程咨询工作进行有效的策划。
10、对企业人力资源管理过程咨询工作进行有效的策划。
依据ISO9001认证管理体系标准6.3条款对文件审核的描述，我们不难发现在对文件审核的要求上，通常是要求在现场审核前完成，文件审核关系到现场审核是否继续或暂停，因此ISO9001认证文件审核的重要性就显得尤为突出。审核前的文审工作做得好，就会为顺利地进行现场审核奠定一个良好的基础。通常文件审核是由审核组长来承担，依据本人以往审核的经验，整合体系的文件在编排上往往主要是以9001:2000标准的结构顺序为主线，同时将14001:1996标准及GB/T28001:2001标准的内容有机地结合进来，因而与单一体系审核不同，在做整合体系文件审核时文审人员会觉得不那么顺畅。组织进行ISO9001认证内部质量管理体系审核是由企业组织的自我审核，主要目的是为了确定所建立的质量管理体系是否符合企业质量手册和程序文件的规定。