生物有机肥中含有大量的有机质，施入土壤后经微生物缓慢分解，部分会变成简单的矿质元素（这个过程叫做矿质化），源源不断地供给作物生长；同时还释放出大量的二氧化碳，供作物吸收利用和促进作物光合作用，提高作物产量。有机质在微生物分解过程中还能产生各种酚、***、酶、生长素及类等物质，促进作物根系生长和对养分的吸收。而且生物有机肥中还含有固氮菌、解磷、解钾菌等微生物，可利用空气中的氮，并释放土壤中不易被作物吸收的钾和磷，持续供给作物养分。
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有机肥料施用中应注意：1、有机肥养分不均衡。有机肥所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它所含养分并不均衡，不能满足作物高产优质的需要。在施用有机肥时，应根据作物对养分的要求配施化肥，即使生产绿色食品的农田也要配施适量矿物肥，山药专用生物有机肥，并在作物生长期间配施各种叶面肥。2、有机肥养分含量低。有机肥虽然所含养分种类较多，通用生物有机肥报价，但含量较低，而且在土壤中分解较慢，在有机肥施用量不是很大的情况下，很难满足作物对营养元素的需要。而化肥养分含量高，肥效迅速，可根据作物需要量的多少，有针对性地补充，生物有机肥，但肥效期短。
一般来说火龙果施生物有机肥甜度有提高，要结合其它方法。影响果实甜度的因素主要是品种、气候、营养供应、植物体健康状况。不同品种的甜度有5%程度的差异，光照可以影响植物光合作用情况，昼夜温差较大的地区果实物质积累相对较多，降雨量或灌溉量过少不利于生长、过多会降低果实糖分。生物有机肥中的有益微生物本身没有肥效，但在繁殖过程中向土壤分泌多种代谢产物，拮抗***微生物，有效菌中的解磷、解钾微生物还能把土壤中缓效和矿物性磷钾及多种中微量元素释放出来，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物的营养条件，增加土壤肥力。
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