生物有机肥中的枯草芽孢等有益微生物利用土壤中的有机质，生物有机肥的成分，产生的次级代谢物中含有大量的促生长类物质，如：生长素能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤能促进开花坐果，增加开花数、保果率等。在多种促生长类物质的调节下，可以使作物产量提高、品质提升，达到增产增收可促进土壤有益微生物繁殖，生物有机肥有机质，改善土壤的理化性质和生物活性。
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生物有机肥的利用价值提高化肥的利用率单纯使用氮肥：由于挥发、淋失、径流等原因，氮肥的利用率只有30%-50%，生物有机肥，且造成地下水污染，施用生物有机肥后，可提高氮肥的利用率。同时施用生物有机肥后，有机肥经微生物分解后产生的有机酸可使土壤中难溶的磷酸盐转化为可溶性养分，提高了养分的有效性，发挥了土壤的潜在肥力。2、改良土壤，提高土壤肥力：土壤施入生物有机肥后可增加土壤有机质含量，经微生物分解后形成腐殖酸，能改善土壤结构，增加土壤中有益微生物的含量，其中的解磷、解钾***能有效活化被土壤固定的磷、钾及其他养分，降低化肥用量，减少土壤板结，为大田作物生长提供适宜的生长环境。同时有些微生物分泌的植物能促进作物生长，生物有机肥厂家介绍，如能拮抗病原生物。
许多生物有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，这些不利于作物的健康生长，所以要经过加工处理后才能施用。腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥养分含量，从而导致营养失衡。同时生物有机肥含有较多的有机物，不宜与硝态氨肥混用。生物有机肥可根据当地的原料进行制作，如城市生活垃圾和各种农作物秸秆、树叶杂草、瓜藤、稻草、松壳、花生壳、锯木屑、谷壳粉、统糠、水果渣、干蔗渣、食用菌渣、酒糟、啤酒糟、糖渣、醋渣、淀粉渣、木薯渣、柠檬酸渣、酱油渣、味精渣、粉渣、豆腐渣、药渣、油渣、油饼粕、糠麸、棉菜粕、霉变饲料、污泥、糖厂啤酒厂渣泥、屠宰下脚料、潲（泔）水、剩饭菜、人动物粪便等废弃物。
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