尿素适用于作基肥和追肥，有时也用作种肥。尿素在转化前是分子态的，不能被土壤吸附，应防止随水流失；转化后形成的氨也易挥发，所以尿素也要深施覆土。（土壤转化施入土壤中一小部分以分子态溶于土壤溶液中，通过氢键作用被土壤吸附，泉州工业级尿素，其他大部分在脲酶的作用下水解成碳酸铵，一级工业尿素，进而生成碳酸和氢氧化铵。然后铵根离子能被植物吸收和土壤胶体吸附，碳酸氢根离子也能被植物吸收，因此尿素施入土壤后不残留任何***成分。
尿素是一种高浓度氮肥，属中性肥料，也可用于生产多种复合肥料。在土壤中不残留任何***物质，长期施用没有不良影响。畜牧业可用作反刍动物的饲料。 但在造粒中温度过高会产生少量，又称双缩脲，对作物有***作用。我国规定肥料用尿素含量应小于0.5%。含量超过1%时，工业一级尿素，不能做种肥，苗肥和叶面肥，其他施用期的尿素含量也不宜过多或过于集中。
用于燃烧废气脱硝的选择性还原剂，以及车用尿素，工业级尿素生产厂家，其组成成分为32.5%的高纯尿素和67.5%的去离子水。选择性催化还原(SCR)排气后处理是通过尿素在燃烧排气中热解反应产生的氨，来与汽车尾气中的氮氧化物（NOx）进行选择性催化还原反应的一种技术，是降低燃烧锅炉和柴油发动机等燃烧废气中的***物质NOx的关键而主流的技术。SCR系统是满足现代汽车严格排放***例如欧Ⅳ/欧V/ 欧VI（国IV/国V/国VI）***的必备系统。车用尿素在欧洲叫AdBlue （添蓝液），在美国叫DEF（柴油机排气处理液）。
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