微生物肥料是 肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动代谢来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
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微生物菌肥使用前后，运输，存放和土壤环境直接影响微生物菌肥使用效果。所以在不适宜的环境中，会导致有益微生物菌的活性降低。运输或存储时具体适宜的环境以及注意事项：注意1.光照：微生物菌忌暴晒（因为它们是在土壤中生长的）。注意2.温度：存储放置时，温度不能太高也不能太低，更不能忽高忽低。注意3.土壤：见干见湿的土壤湿度为适宜，根据土壤情况施用菌肥，土壤酸碱度也要注意，微生物菌肥当中的部分微生物菌，微生物菌剂，比如根瘤菌和固氮菌，复合微生物菌剂，土壤呈中性和微碱性都可以。微生物菌肥具有降解和转化土壤中***物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中有效的措施。
微生物肥料发挥大作用除了土壤修复，提高肥料利用率也是微生物肥料的重要作用。有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量，还可以提高一些土壤酶类活性，微生物菌剂价格，有利于土壤中养分的转化，方便植物的吸收利用。微生物肥料还可以增强植物抗性。有些生物菌肥在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
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