如菌根***在土壤中大量生长，菌丝吸收大量的营养元素，还存储大量的水分，有利于作物抗旱。土壤环境改善了，植物吸收营养充足均衡，抗旱抗病能力提高，农产品品质自然也就高了。据研究报道，微生物菌剂生产，施用微生物肥料后，微生物菌剂肥，蔬菜的含量可下降25.4～44.3毫克/千克，比对照降低21%;***C、糖分含量均增加10%。科学家还在黄瓜、番茄和韭菜上施用微生物肥料，微生物菌剂，发现这三种蔬菜的含糖量增加10%，其中葡萄糖和果糖分别增加20%和17%以上;粗蛋白、钾、***C含量均增加11%，总有机酸含量降低9%，盐含量降低8%。有些微生物还可以在土壤中释放生长素、、赤等，能够调控作物生长，进而提高产量。
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有的微生物肥料产品，还可以减少的积累，提高农产品的安全性。增强作物的抗逆性能。大多微生物菌剂中的有效菌，具有分泌类物质和多种活性酶的功能，能***或致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性，如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，同时还能有效预防作物生理害的发生。从而，促进根系发展，为农作物健康生长提供舒适的生长环境。
微生物菌剂的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身***无害。大量施用化肥、，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，微生物菌剂价格，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要事情。盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长***的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施复合微生物肥料和生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。
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