使用过程出现的问题原因及解决办法
（1）聚丙烯酰胺电泳时“皱眉”（两边向下中间鼓起）形带原因：聚丙烯酰胺电泳主要出现在蛋白质垂直电泳槽中，一般是两板之间的底部间隙气泡未排除干净。
处理办法：可在两板间加入适量缓冲液，以排除气泡。
（2）聚丙烯酰胺电泳带出现纹理现象：聚丙烯酰胺电泳主要是样品不溶性颗粒引起的。
处理办法：加样前离心；加适量样品促溶剂。
（3）聚丙烯酰胺电泳时出现“鬼带”：聚丙烯酰胺电泳时“鬼带”就是在跑大分子构象复杂的蛋白质分子时，常会出现在泳道顶端（有时在浓缩胶中）的一些大分子未知条带或加样孔底部有沉淀，主要由于还原剂在加热的过程中被氧化而失去活性，致使原来被解离的蛋白质分子重新折叠结合和亚基重新缔合，聚合成大分子，其分子量要比目标条带大，有时不能进入分离胶。但它却于目标条带有相同的学活性，在WB反应中可见其能与目标条带对应的作用。
处理办法：在加热煮沸后，再添加适量的DTT或Beta，以补充不足的还原剂；或可加适量EDTA来阻止还原剂的氧化。
聚丙烯酰胺在造纸行业中一般有俩种实用状态，一种是保护环境方面的作用；这种保护环境作用一般体现在保留颜料及其填料的存留率，也就是降低原材料在生产过程中造成的流失对环境造成的污染。
另一种就是提高纸张的柔韧度，这种用途一般是指聚丙烯酰胺在造纸中可以提高纸张强度，可以使得纸张具有多孔性，还可以让纸张更抗撕，跟进纸张的视觉效果，另外印刷的性能也会获得不同程度的提高。随着造纸工业的发展，聚丙烯酰胺在造纸工业的实际使用量也再不断的增加中。
PAM溶液是很粘稠的。分子量越高的PAM的溶液粘度越大。这是因为PAM大分子是长而细的链状体，在溶液中运动的阻力很大。粘度的实质是反映溶液内磨擦力的大小，亦称为内磨擦系数。各种高分子有机物的溶液的粘度都较高，并随分子量升高而增大。测定高分子有机物分子量的一种方法，就是测定一定浓度溶液在一定条件下的粘度，再按一定的公式计算其分子量，称为“粘均分子量”。
PAM的离子度对它的使用效果有很大影响，但它的适宜数值需视所处理的物料的种类和性质而定，不同情况下会有不同的较佳值。如果所处理的物料的离子强度较高(含无机物较多)，所用PAM的离子度宜较高，反之则应较低。通常，阴离子度被称为水解度。而离子度一般特指阳离子。