基本原则：一般不能与***、杀菌剂混用，这样容易杀灭菌肥中的微生物。不能长期暴露于阳光照射下，太阳光中的紫外线会杀灭菌肥中的微生物。在施用前不宜久放，底施微生物有机肥厂，好随购随用。菌肥应存放在阴凉干燥处，避免温度湿度过高过低及阳光暴晒。并注意土壤条件，如养分含量、有机质含量、水分含量、pH值等，否则会影响使用效果。
施用温度：合理施用菌肥的佳温度为22~35℃，低于5℃或高于40℃施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
施用地块：对于含硫高的土壤和锈水田不宜施用生物菌肥；对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物有机菌肥采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。
施用时期：生物菌肥不是效肥，阿维菌素型微生物有机肥厂，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前1周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，且施用量不能过大。
混合施用：前面提到过，不要将菌肥与杀菌剂、***、除剂和含硫的化肥(如***钾等)以及草木灰混合施用，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌与已拌好杀菌剂的种子混合使用。还要防止与未腐熟的农家肥混合施用。
生物菌肥注意施用方法
1、有机肥主要作用是改善土壤，同时也可以提供养分，一般是要在农作物之前把有机肥施入土壤，所以要结合深耕，使有机肥和土壤完全混合在一起，使达到改善土壤的目的，土壤问题严重时要使用带腐殖质有机肥，它可以改善土壤***可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。
2、基肥中，因为有机肥中的养分以磷、钾、氮为主，要与有机肥搭配用化肥少施。磷肥和钾肥可以作底肥一次施入，天然微生物有机肥厂，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。
3、追施的化肥好用全溶性效肥为主，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。
4、生物菌肥因其用量少可集中施在定植内或随有机肥底施。后期可多次追施同一种生物菌肥，以壮大菌群，忻州微生物有机肥厂，以提高解磷解钾能力和防病效果。
1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
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