对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
五，注意棚温、地温和水温。
施用菌肥的***温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，阿维菌素型微生物有机肥工艺，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌***适温度，土壤含水量是60～70%左右。
六，因量制宜。
对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第壹、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
七，因时制宜。
生物菌肥不是效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
?工厂化无害化处理
如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，阿维菌素型微生物有机肥价格，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，阿维菌素型微生物有机肥专用，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及***的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，山西阿维菌素型微生物有机肥，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
肥料是重要的农业生产资料， 农业的持续稳定发展离不开肥料。化肥因其效养分含量丰富，增产效果显着，在生产中被广泛应用。目前，中国的化肥生产量和使用量位居世界第壹。在生产方面，其他主要化肥品种均已呈现过剩状态。在应用方面，存在肥料使用结构不合理，过量施用和利用率低的问题， 具体表现为农民在生产过程中只注重化肥的使用，对有机肥和微生物肥料则十分轻视，且为了获得更好的肥效，盲目加大化肥的施用量。
当前世界农作***肥施用量为120 kg/hm2， 中国农作***肥施用量为328.5 kg/hm2，远高于世界平均水平。化肥过量施用、盲目施用带来了成本的增加、环境的污染、土壤的退化等一系列问题。
土壤是一个***重要的自然资源。沈其荣认为土壤基础地力是实现作物产量潜力的关键因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增产效果而言，1975 年为25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年为8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥报酬的急剧下降表明，随着化肥的长期使用，土壤的基础地力正在逐渐减弱， 而土壤基础地力的减弱已成为影响中国农业可持续发展和农作物高产、稳产的重要限制因素。
随着民众对环境问题和土壤循环利用认知的逐步提高，传统的化肥已不能满足农业发展的需要，为实现农产品可持续发展，发展***环保肥料势在必行。
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