如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及***的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，阿维菌素型生物有机肥技术，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
?建议施用方法
1.用于水稻、茶树、玉米、小麦、棉花、豆类，每亩用量50～150公斤，阿维菌素型生物有机肥技术，在播种或移栽前将肥料均匀施于畦面，然后耙入土内，使肥、土融合后再播种或移栽。
2.用于果树，根据树冠大小而定，一般每棵用量为l～3公斤，可在早春沿树冠挖l2～l5厘米深的施肥沟，将肥料施入沟内后覆土。
3.用于蔬菜，一般做基肥、追肥、也可穴施、蘸根，施用量一般为每亩50～150公斤，生物有机肥技术，在各个生长期每亩追肥20～30公斤。
在工艺优化方面， 研发与建立不同固体有机废弃物堆肥资源化利用技术与工艺，根据不同来源的废弃物，建立配套工艺与技术，以满足变化多端的有机废弃物资源化利用产业需求。同时，优在2014 山东微生物肥料发展高峰论坛上提到， 未来应加强对新型肥料产品——全元生物有机肥的研发生产力度。全元生物有机肥指的是集有机肥、化肥（包括化肥、控缓释化肥、稳定性化肥）、生物肥为一体的新型生物有机肥料。简单说，就是含有无机养分、功能菌和有机质3 种养分的肥料。它既可以给当季作物提供足够的养分，还能为土壤中增加有益菌和有机质， 改良土壤中的微生物区系，使得原来有病害的土壤、养分转换慢的土壤，逐渐变成健康的土壤、养分转化快的土壤。未来应加强对新型全元生物有机肥的复配技术与工艺的研发，生产出适合不同土壤、不同作物和不同气候条件的新型全元生物有机肥料产品。
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