1、有机肥效慢，生物有机肥生产工艺，应该提前施用，一般要在播种前或者在定植之前一次性的底施，使用之前好选择完全发酵腐熟的有机肥，后期在追施效果就不如作底肥明显。
2、化肥它效快，作基肥时提前一周左右施入，追肥时应在作物营养临界期或吸收营养高峰期前施入，以满足其所需。
3、生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在定植前提早施入，生物有机肥，使其有繁殖壮大的时间，可随有机肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植时穴施。
生物肥的?优点
1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
有机肥是富含有机质肥料的统称，它主要包括农家肥、人粪尿、各种禽畜类圈肥、各种绿肥、堆肥、农作物秸秆、柴草、落叶、沼肥等，当然也包括商品有机肥。
植物(包括果树)不能直接吸收利用植物秸秆、落叶杂草、树皮等有机物质，果树吸收利用的是有机物质经过腐熟、分解后形成的腐殖酸、氨基酸等。所以严格的说，未经发酵腐熟的人粪尿、各种禽畜粪、树枝、农作物秸秆、柴草落叶等，只能叫做有机物，不是有机肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生长不光需要氮、磷、钾等无机合成营养和矿物质营养，更需要腐殖酸、氨基酸等有机营养。有机营养是连接植物、土壤、土壤微生物和植物营养的纽带，处于植物营养的中心位置。
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