作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖，天然生物有机肥技术， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显着效果。主要原因在于：
一、肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， ***其他***微生物的生长繁殖，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。
二、功能菌发挥***增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。
三、肥料中的许多微生物菌在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。
发酵过程的管理
在发酵过程中，对温度的控制非常重要。温度过低，达不到腐熟的标准；温度过高，堆肥的养分容易损失。堆肥内的温度是从外表向内30厘米以里为准。因此，阿维菌素型生物有机肥技术，测量温度用的温度计，它的金属杆要长于30厘米，在测量时，要插入堆肥内30厘米以上，才能正确的反映堆肥的发酵温度。
发酵温度和时间的要求：
堆肥结束后，鸡粪就进入第壹次发酵阶段。它会自动升温到55℃以上，维持5到7天，这时就能杀大部分寄生卵和***菌，达到无害化处理标准。过3天左右翻一次堆，这有利于透气、散热、腐熟均匀。
发酵7-10天后，温度自然降到50℃以下，由于在第壹次发酵过程中有些jun种会因高温失去活性，需要第二次发酵时。再次加入5-8千克的jun种混合物，搅拌均匀。这时次将水分控制在50%左右。如抓一把鸡粪在手里，握紧成团，手心潮湿，指缝间无水渗出，说明水分合适。
第二次发酵的温度要控制在50℃以下，经过10-20天，堆肥内温度就下降到40℃以下了，这就达到了腐熟标准。
有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。
EM堆腐法
EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合***、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：
（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
（2）将人、畜粪便风干至含水量为30%~40%。
（3）取稻草、玉米秆和青草等，切成长1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
（4）将稻草等膨松物与粪便按重量10：100混合搅拌均匀，生物有机肥技术，并在水泥地上铺成长约6米、宽约1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
（5）在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000千克肥料洒1000~1500毫升。
（6）按同样的方法，在上面再铺第二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，底施生物有机肥技术，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味。各地要根据具体条件，反复试验、摸索才行。
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