甲壳素在自然界的存在，还有一个重要的方面往往被人忽视，那就是在自然界生长、繁衍着的含有甲壳素的各种各样的生物，在其腐烂后成为肥料的同时释放出甲壳素，甲壳素在自然界经受降解和脱乙酰基过程，产生不同分子量的甲壳素及不同分子量、不同脱乙酰度的壳聚糖。在广袤的田野、森林和大草原的土壤中，都有甲壳素和壳聚糖的存在；而在贫瘠的土壤和沙化的土壤中，则很少有甲壳素和壳聚糖的存在，这从一方面反映出甲壳素在自然界生态平衡中的重要性。
地球上存在的天然有机化合物中，壳聚糖短纤维加工厂，数量较大的是纤维素，其次就是甲壳素，前者主要由植物生成，壳聚糖短纤维批发价，后者主要由动物生成。
甲壳素是地球上仅次于纤维素的数量第二大的天然有机化合物，它主要由动物生成，广泛存在于甲壳纲动物虾和蟹的甲壳、昆虫的甲壳的细胞壁和植物（如蘑菇）的细胞壁中，壳聚糖短纤维生产厂，估计自然界每年生物合成的甲壳素将近100亿吨。甲壳素亦是地球上除蛋白质外数量较大的含氮天然有机化合物。
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