集装箱运输中的港口的***也相当大。专用集装箱泊位的码头设施包括码头岸线和前沿、货场、货运站、维修车间、控制塔、门房，以及集装箱装卸机械等，耗资巨大。
为开展集装箱多式联运，还需有相应的内际设施及内陆货运站等，为了配套建设，这就需要兴建、扩建、改造、更新现有的公路、铁路、桥梁、涵洞等，这方面的***更是惊人。可见，没有足够的资金开展集装箱运输，实现集装箱化是困难的，必须根据国力量力而行，***后实现集装箱化。
拼箱货物远不如整箱货物的货源广泛和灵活性，它需要运输公司额外招揽并合理搭配一些装运港、目的港、交货期、物的品种、体积、重量等各方面的条件都很适宜配进同一个集装箱的出口货物。这些要求做起来难度很大，需要的时间也比较长。如果货主托运的运输公司经营能力不强，那么，货物运输的时间还会拖延得更长。
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在一般情况下，整箱货物可以直接在内地口岸装运，而拼箱货物因为内地货源相对较少，沿海货源相对较多的因素，只适合在发达的沿海口岸交货。这无疑又会给出口人增添许多额外的麻烦。
按照我国***的有关规定，出口货物必须通过生产所在地和出口报关所在地的商检局检验。如果货物在生产所在地的省(自治区、直辖市)所辖范围内的本地报关出口，则一批货物只需办理一次商检就可以了。否则，如系异地报关，一批法定检验的出口商品，必须经过两处检验，海关才会予以放行。