基本原则：一般不能与***、杀菌剂混用，天然微生物有机肥厂，这样容易杀灭菌肥中的微生物。不能长期暴露于阳光照射下，太阳光中的紫外线会杀灭菌肥中的微生物。在施用前不宜久放，好随购随用。菌肥应存放在阴凉干燥处，避免温度湿度过高过低及阳光暴晒。并注意土壤条件，如养分含量、有机质含量、水分含量、pH值等，晋城微生物有机肥厂，否则会影响使用效果。
施用温度：合理施用菌肥的佳温度为22~35℃，低于5℃或高于40℃施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
施用地块：对于含硫高的土壤和锈水田不宜施用生物菌肥；对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。生物有机菌肥采用穴施或沟施的方式进行，不建议冲施。复合微生物肥则多采用叶面喷施、冲施等方式进行。
施用时期：生物菌肥不是效肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前1周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，且施用量不能过大。
混合施用：前面提到过，不要将菌肥与杀菌剂、***、除剂和含硫的化肥(如***钾等)以及草木灰混合施用，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌与已拌好杀菌剂的种子混合使用。还要防止与未腐熟的农家肥混合施用。
?建议施用方法
1.用于水稻、茶树、玉米、小麦、棉花、豆类，每亩用量50～150公斤，在播种或移栽前将肥料均匀施于畦面，然后耙入土内，使肥、土融合后再播种或移栽。
2.用于果树，根据树冠大小而定，一般每棵用量为l～3公斤，可在早春沿树冠挖l2～l5厘米深的施肥沟，将肥料施入沟内后覆土。
3.用于蔬菜，一般做基肥、追肥、也可穴施、蘸根，施用量一般为每亩50～150公斤，在各个生长期每亩追肥20～30公斤。
一看包装，是否规范。包括产品登记证、产品技术指标、产品有效期；
二看物料，是否均匀。产品含水量太高或太低均不利于jun种存活，天然微生物有机肥厂，判断方法：抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。
三看效果，是否。试验方法：加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，底施微生物有机肥厂，第二天拿出来溶化，反复三次，肥料中的jun种将会冻死或大幅度减少；这是用它和将原产品进行比较试验、在相同的田块里观察差异，差异明显是好肥料，差异不明显，表明该产品有问题，建议放弃使用。
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