微生物肥料改良土壤作用微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，微生物菌剂，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
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化学肥料的有效补充剂。微生物能自然释放氮、磷、钾，因而可减少化学肥料的投入，降低使用化肥的成本；增加作物产量。通过刺激根系的生长和营养成分的吸收，从而促进植物生长。通过固氮作用和共生作用土壤，产生有机质***土壤的自然肥力并能改善土壤的结构、纹理和通风，增强土壤的储水能力。生物环保（由有机物质分解而成，不含化学***物质）。通过有益微生物的天然性和杭病性来保护植物免受病菌的侵害、抗早。可用作农田或菜地的施用肥。
防治作物病虫害的作用 :功能性微生物的生长繁殖，可在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群或产生，分泌胞外溶解酶来***其它***微生物的生长繁殖，对部分***病原菌产生拮抗作用，微生物菌剂使用方法，从而减少了***微生物的危害机会保水保肥改良土壤作用 :由于化学肥料的长期使用，微生物菌剂的作用，土壤中的有益微生物被大量扼杀，施用微生物肥料就是在人为地给土壤补充微生物，活化土壤。微生物在生长繁殖过程中会产生大量的次生代谢产物，这些产物可促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成使土壤变的疏松、绵软，农用微生物菌剂，水、气、热更加协调，从而，减少土壤板结，增强土壤保水、保肥、通气能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失。从而，促进根系发展，为农作物健康生长提供舒适的生长环境。
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