核酸电泳染色液
核酸电泳常用染色液
1、***化乙锭（ethidium bromide, EB）
较为常用的核酸荧光染料，可嵌入核酸双链的配对碱基之间，在紫外线激发下，发出桔红色荧光。 EB-DNA复合物中的EB发出的荧光，比游离的凝胶中的EB发出的荧光强度大10倍，因此无需洗净背景即可清楚观察核酸带型。3，DNA变性以20mMN***Buffer稀释DNA，电泳前勿加热带弱或无DNA条带：1，DNA的上样量不够增加DNA的上样量。若EB背景太深，可将凝胶 浸泡于1mmol/LMgSO4中1h或10mmol/L MgCI2中5min，使非结合的EB褪色，这 样可检查到10ng的DNA样品，EB也可用于检测单链DNA或RNA，但其对单链核酸的亲和力相对较小，荧光产率也相对较低。
2、***橙（acridine orange, AO）：
***橙可嵌入双链核酸碱基对之间，在254nm紫外线激发下发出530nm的绿色荧光；还通过静电与单链核酸的磷酸基结合，在254nm紫外线激发 下产生640nm的红色荧光。因此可区分单链和双链核酸，灵敏度分别为0.1μg和0.05μg。但***橙的染色操作要求严格，应在 22℃，0.01mol/L磷酸钠缓冲液（pH7.0）中避光浸泡30min，然后在搪瓷盘中用该缓冲剂4℃脱色过夜或22℃脱色1~2小时。因此，当受到电场作用时，核酸从负极（阴极）向正极（阳极）迁移，较短的碎片比较长的碎片移动得更快，导致基于尺寸的分离。
3、亚甲蓝（methylene blue）
可将RNA染成蓝色，但灵敏度不高，而且操作时间长。染色过程：胶浸泡于0.02%的亚甲蓝，10mmol/L Tris-Ac（pH8.3），4℃放置1~2h，用净水洗5~8h（反复换水），带型肉眼可见，较低检测量为 250ng。
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核酸电泳技术的应用
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琼脂糖凝胶电泳适合分离、纯化200bp-50kB长度的核酸片段，广泛应用于***组提取与分析、载体构建、质粒提取等方面，分辨率较低，相差100bp以内的核酸片段较难分离。聚丙烯酰胺凝胶电泳适合分离1kB以下的小核酸片段，适用于序列分析与比对、核酶分析与鉴定、小片段核酸的提取与分析等方面分辨率较高，可以精准分离相差十几至几十bp的小片段核酸分子。将琼脂糖在所需缓冲液中加热熔化成清澈、透明的溶胶，然后倒入胶模中，凝固后将形成一种固体基质，其密度取决于琼脂糖的浓度。脉冲场凝胶电泳分离片段大小50kb-10Mb,可有效回收大片段DNA，是一种非常有效的分子分型方法，因此根据实验目的，选择相应的电泳方法，能得到可靠地实验结果。
电泳槽液如何有效过滤?
1、过滤精度——电泳槽液液过滤精度选择一般为25~75μm；
2、根据压差及时更换滤袋。更换时要简称过滤袋是否有破损；缝合是否结实牢靠，随着时间的延长，过滤袋会逐步堵塞，那就需要更换以确保正常的循环过滤效果。不同的电泳线过滤袋更换频度是不一样的，环境差、泳前清洗效果不好的、夏天主槽跟副槽泡沫过多、带入颗粒多的电泳线可能每天都得更换滤袋；而一些工艺管理完善、防尘环境好的电泳线一个月都不需要更换滤袋也是常有的事。蛋白电泳中蛋白样品的分子结构蛋白质分子结构可以分为4级：一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。
3、为了确保良好的电泳涂膜的外观质量，在槽液的循环管路中，在泳后清洗的循环UF液及循环去离子水管路中都应有过滤器装置，对槽液、循环清洗液进行较大限度的过滤。
槽液中机械杂质（环境污染、被涂物带入污染），凝聚颗粒（前处理带入的杂质与涂料反应生成的脏物）都将依靠循环系统中的过滤装置来清除。因此，要求过滤通过量2-4倍槽容量/小时。
常用的过滤器为袋式过滤器，过滤袋为无纺布材质，或聚丙烯材质。
过滤器由主循环泵驱动，推荐在每一个主循环泵上串联两台袋式过滤器，这种配置方式中，过滤器选用孔径较大的过滤袋，以除去大部分大颗粒杂质，第二个过滤器选用较小孔径的过滤器以除去细小颗粒。
阴极电泳过滤袋可选用聚丙烯过滤袋；阳极电泳过滤袋为无纺布。
阳极电泳槽液过滤精度一般采用能通过50-75μm的过滤介质过滤袋。
阴极电泳槽液过滤精度一般采用能通过25-50μm的过滤介质过滤袋。
过滤器的清洗及过滤袋的更换视过滤器上的进出口压力而定，一般过滤器管线上并联旁通管线（推荐采用并联双桶过滤器的安装形式），在过滤器上应设置低排放点及上排气口，过滤器壳材质宜采用不锈钢。
