许多生物有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，这些不利于作物的健康生长，所以要经过加工处理后才能施用。腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥养分含量，从而导致营养失衡。同时生物有机肥含有较多的有机物，不宜与硝态氨肥混用。生物有机肥可根据当地的原料进行制作，如城市生活垃圾和各种农作物秸秆、树叶杂草、瓜藤、稻草、松壳、花生壳、锯木屑、谷壳粉、统糠、水果渣、干蔗渣、食用菌渣、酒糟、啤酒糟、糖渣、醋渣、淀粉渣、木薯渣、柠檬酸渣、酱油渣、味精渣、粉渣、豆腐渣、药渣、油渣、油饼粕、糠麸、棉菜粕、霉变饲料、污泥、糖厂啤酒厂渣泥、屠宰下脚料、潲（泔）水、剩饭菜、人动物粪便等废弃物。
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人畜禽粪肥经过腐熟后得到的有机肥产品与普通化肥相比具有其独特优势。1、养分齐全，促进作物增产增收。由于含有丰富的有机质，可以提供作物氮磷钾及多种中微量元素，大幅度提高农产品的品质，施用后瓜菜甜，米饭香，而且可以有效改善土壤理化性状，疏松土壤，增强土壤透气性，果树专用生物有机肥，大幅提高地力。生物有机肥成分中含有如固氮菌、解磷菌、解钾菌等，施用后可转化土壤中的营养物质为作物所用，源源不断给作物供应养分。2、生物活性物质丰富，可促进作物生长。有机肥的施用会使大量有益活性菌迅速繁殖，可有效******微生物的生长，同时产生多种酶，生物有机肥多少钱一吨，促进作物健壮生长，生物有机肥，增强作物的抗逆和抗病虫害能力，减少施用量，缓解连作障碍。3、改善地力，推动循环农业发展。大量有益活性菌直接参与土壤物质和能量转化、腐殖质形成和分解等过程，对土壤团粒结构起到胶粘作用，有效改善土壤物理性状，增强土壤的透气、保水、保肥能力，防止土壤板结和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地实现良性循环。
生物有机肥穴施、沟施效果更好，特别是棚室蔬菜生产中，连作重茬不可避免。即使施用了一些生物肥、微肥，由于受到温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，有益微生物很难快速发挥作用，生物有机肥哪家好，如果穴施、沟施生物有机肥，一方面可快速促进活化土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥腐熟不充分、化肥未分解形成养分空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进根系良好的发育。
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