微生物菌剂经再增殖后含有大量的固氮菌，可以提高土壤中的氮元素含量，减少氮肥施用量；微生物菌剂同时含有有益微生物菌，微生物菌剂，增加土壤有机质，加速有机质降解转化为作物能吸收的营养物质，提高土壤肥力，减少化肥用量。高达20%-60%，视作物不同。改善作物和农产品的品质，使农民增收。降低了土壤中的***及残留，改善了果实品质 。
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为重要的是微生物肥料还有抗病抑虫效应。主要表现在3个方面，有些微生物肥料的接种作物后，由于在作物根部大量生长繁殖形成优势种群，复合微生物菌剂，除了自身的作用外，还能***或减少病原微生物的繁殖机会，有的本身就有拮抗病原微生物的作用。同时，微生物肥料施入土壤后，的次生代谢产物，如类物质、等可以***土著病原菌对植物根部的侵染。
微生物菌肥能控制病毒病害侵染引起的作物病状，具有预防兼作用。谱广，不无残留，微生物菌剂使用方法，更安全，更环保，更健康。适合各种大田作物、温室作物、有机种植基地等经济作物使用。分泌病原菌细胞壁降解酶，微生物菌剂有哪几种，阻止病原菌细胞壁的形成，同时产生次生代谢物，阻断病原菌繁殖生长能量传递。具有解磷、解钾、固氮等特性，从而提高土壤的肥力。
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