使用过程出现的问题原因及解决办法
（1）聚丙烯酰胺电泳时“皱眉”（两边向下中间鼓起）形带原因：聚丙烯酰胺电泳主要出现在蛋白质垂直电泳槽中，一般是两板之间的底部间隙气泡未排除干净。
处理办法：可在两板间加入适量缓冲液，以排除气泡。
（2）聚丙烯酰胺电泳带出现纹理现象：聚丙烯酰胺电泳主要是样品不溶性颗粒引起的。
处理办法：加样前离心；加适量样品促溶剂。
（3）聚丙烯酰胺电泳时出现“鬼带”：聚丙烯酰胺电泳时“鬼带”就是在跑大分子构象复杂的蛋白质分子时，常会出现在泳道顶端（有时在浓缩胶中）的一些大分子未知条带或加样孔底部有沉淀，主要由于还原剂在加热的过程中被氧化而失去活性，致使原来被解离的蛋白质分子重新折叠结合和亚基重新缔合，聚合成大分子，其分子量要比目标条带大，有时不能进入分离胶。但它却于目标条带有相同的学活性，在WB反应中可见其能与目标条带对应的作用。聚丙烯酰胺在造纸领域中效果取决于其平均分子量、离子性质、离子强度以及其它共聚物的活性。
处理办法：在加热煮沸后，再添加适量的DTT或Beta，以补充不足的还原剂；或可加适量EDTA来阻止还原剂的氧化。
聚丙烯酰胺配成的溶液不要用离心泵转移，以免高速旋转的叶片造成聚合物的剪切降解。配制的具体方法如下：
在容器（如实验室的烧杯，工厂的配制罐）中加入一定量的清水，按清水量及浓度计算所需的粉状聚合物量，称出聚合物；
开启电动搅拌器，将清水搅出漩涡，搅拌器叶片末端的线速度不要超过8米/秒，以免造成聚合物降解；但又不能太慢，以免聚合物颗粒浮在水面上，或在水中下沉、结团。
将聚合物缓缓撒入水的漩涡中，注意聚合物颗粒进入水里后不能互相粘连、结团。然后再搅拌一段时间，使聚合物颗粒充分溶解，较后成为均匀、透明、粘稠的溶液，无肉眼可见的团块。这段搅拌时间按下面方法确定：
（1）．在夏季水温较高时，阴、阳离子型聚合物需搅拌1小时左右，非离子型聚合物需搅拌2小时左右；
（2）．在冬季水温较低时，阴、阳离子型聚合物需搅拌1.5小时左右，非离子型聚合物需搅拌3小时左右。
聚丙烯酰胺残余单体含量：PAM的残余单体含量是指在丙烯酰胺聚合为聚丙烯酰胺过程中，未反应完全并较终残留于聚丙烯酰胺产品中的丙烯酰胺单体含量，是衡量是否适用于食品工业的重要参数。
在这里，我们聚丙烯酰胺生产厂家建议，聚合氯化铝不能和聚丙烯酰胺混合使用，应先使用聚合氯化铝，再使用聚丙烯酰胺才是正确的使用方法。