微生物肥料发挥大作用除了土壤修复，农用微生物菌剂，提高肥料利用率也是微生物肥料的重要作用。有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量，还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化，微生物菌剂，方便植物的吸收利用。微生物肥料还可以增强植物抗性。有些生物菌肥在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
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微生物菌剂是指目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后，微生物菌剂的作用，利用多孔的物质作为吸附剂(如草炭、蛭石)，吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，微生物菌剂价格，具有直接或间接改良土壤、***地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有物质等作用。农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
微生物肥料是 肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动代谢来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
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