菌肥一般包装较大，多为40kg，也有25kg和50kg包装的，一般亩用量较大，按照目前***各地亩有机质含量在1.0%左右的情况，一般果树要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市场价格比较集中在2000-3000之间，以逐步成为市场的主流肥料。一般复合微生物肥料和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂在单位面积上的用量少，一般每亩用量2-5kg。
一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。
提高化肥利用率的作用
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。微生物肥料是以活性（可繁殖）微生物的生命活动导致作物得到所需养分（肥料）的一种新型肥料生物制品，是农业生产中肥料的一种（也称第三代肥料）。
使用注意事项
选择质量合格，过期不能用。 菌肥必须保存在低温（适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的jun种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆jun要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。