生物有机肥与农家肥的区别：
1）生物有机肥完全腐熟，虫卵死的概率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死的概率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
生物有机肥与生物菌肥的区别：
1）生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，价格高达上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
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活化难溶化合物，提高土壤向供养能力。生物有机肥料中含有固氮微生物，该类微生物可通过其中固氮酶的作用将空气中的氮还原为可被作物吸收利用的成份，是作物提供氮素营养的一条重要途径。此外，生物有机肥中还添加了一定数量的溶磷微生物和硅酸盐***，施入土壤后经增殖并与其他土壤微生物协同作用，可分解土壤中某些原次生矿物，并同时将这些矿物所固定的磷、钾等养分释放出来，把无效态磷、钾转化成可供作物吸收利用的有效态养分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显著效果。主要原因在于：一、肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， ***其他***微生物的生长繁殖，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。
二、功能菌发挥***增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。
三、肥料中的许多微生物菌在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。
