一类叫发酵菌。包括各种有机物分解菌，它们能分泌胞外酶，主要作用是将复杂的有机物分解成较为简单的物质。例如多糖转化为单糖，蛋白质转化为肽或氨基酸，脂肪转化为甘油和脂肪酸。
第二类叫产氢产***菌。其主要作用是前一类分解的产物进一步分解成***和二氧化碳。
第三类菌称产***菌。它们的作用是利用***、氢气和二氧化碳产生***。 在实际的发酵过程中这三类微生物既相互协调，又相互制约，共同完成产沼气过程。
一阶段是含碳有机聚合物的水解。纤维素、半纤维素、果胶、淀粉、脂类、蛋白质等非水溶性含碳有机物，经菌水解发酵生成水溶性糖、醇、酸等分子量较小的化合物，，以及氢气和二氧化碳；
第二阶段是各种水溶性产物经微生物降解形成***底物，主要是***、氢气和二氧化碳；
第三阶段是产***菌转化***底物生成CH4和CO2。另外，在沼气发酵过程中还存在某些逆向反应，即由小分子合成大分子物质的微生物过程；
从有机物质厌氧发酵到形成***，是非常复杂的过程，不是一种菌所能完成的，是由很多菌参与联合作用的结果。
、矿井***是一种热一链式反应（也叫链锁反应）。当混合物吸收一定能量（通常是引火源给予的热能）后，反应分子的链即行断裂，离解成两个或两个以上的游离基（也叫自由基）。这类游离基具有很大的化学活性，成为反应连续进行的活化中心。在适合的条件下，每一个游离基又可以进一步分解，再产生两个或两上以上的游离基。这样循环不已，游离基越来越多，化学反应速度也越来越快，***后就可以发展为燃烧或式的氧化反应。所以，***就其本质来说，是一定浓度的***和空气中的氧气在一定温度作用下产生的激烈氧化反应。
利用异源***与酵母***的功能，还能使酵母成为其它生物新***的筛查工具。通过使用特定的酵母***突变株，对人类cDNA表达文库进行筛选，从而获得互补的***。如Tagendreich等利用酵母的细胞分裂突变型（cdcmutant）分离到多个在人类细胞有丝分裂过程中起作用的同源***。利用此方法，人们还***分离到了农作物、家畜和家禽等的多个新***。