饮水机用酒精或白醋擦拭接水桶，出水龙头等；饮水机倒入现成的或者调配的清洁液，一般为白醋，或者柠檬汁和水1：10的混合液，或者是以消毒，或者是以柠檬酸为主要成分的除垢剂；静置或者加热饮水机中的清洁液一段时间；排出清洁液；重复上述静置/加热、排出清洁液的步骤2~3次直到出水没有清洁液的味道；装回聪明座。
一般都会用以下几种清洁剂。，有一定的杀菌***，一般用于擦拭饮水机的一些部位，例如储水槽、聪明座和水龙头，不过很少用于清洗内胆和整机的清洗。不过洗完味道残留会比较多，需要长时间的冲洗去除酒味。白醋，虽然有杀菌的***但是清洁之后有可能导致饮水机长时间流出的水都有醋味。柠檬水，柠檬汁和水按照1：10比例调配的清洁液，主要的成分为柠檬酸，主要用于清理饮水机中的水垢，因为味道清新，比白醋法要受欢迎一些。
饮水机拔去电源插头，取下水桶，打开饮水机后面的排污管口(一般为白色塑料材质的旋钮)，排净余水。然后，再打开冷热水开关放水。第2步：取下“聪明座”(就是饮水机内接触矿泉水桶的部分)，用酒精棉仔细擦洗饮水机内胆和盖子的内外侧，为下一步消毒作准备。第3步：按照去污或***的说明书配置消毒水(家庭清洗饮水机可用盐水)，导入饮水机，使消毒水充盈整个腔体，留置10～15分钟。
