如何基于用水部门间水资源合作实现水资源短缺区域内水资源优化配置这一议题包括３个层面的问题：① 区域中谁与谁进行水资源合作形成联盟；② 联盟成员如 何 共 用 水 资 源 获 益；③ 联 盟 用 水 收益如何在成员间分配。实际上，对于第１个问题，用水部门通过水资源合作可形成很多可行联盟，可行联盟的***函数（联盟中水资源如何共用、获益）和联盟收益分配方式共同决定了该可行联盟终是否能够稳定存在。相关研究对于上述３个层面的问题进行了探讨：Ｗａｎｇ等以及 Ｘｉａｏ等针对用水部门只能同时参与一个水资源合作联盟时的情况，构建了基于价格－需求函数的用水部门用水效益函数，并采用基于核心的清晰联盟合作博弈给出了流域内的用水部门合作联盟结构，以及该结构下各联盟用水收益的分配结果；Ｓａｄｅｇｈ等针对用水部门能同时参与多个水资源合作联盟的跨流域水资源优化配置问题，构建了基于常数形式联盟收益系数的模糊联盟支 付 函 数，并 采 用 模 糊 Ｓｈａｐｌｅｙ值 法 将 各联盟用水收益分配给用水部门；
水资源协调应同时考虑公平、效率和生态，才可能实现区域的长期可持续性发展。
①公平。社会公平意味着社会主体可公平地获取资源。
②效率。用水效率与特定地区的用水行为有关。通常情况下，由于居民用水效率不高，地区通过采用节水技术或产品等可以带来可观的节水效果。因此，生活用水需求和居民用水行为与是否采用节水技术有关。
③生态。生态平衡是指人类与周围的动植物和谐共处的能力。随着城市经济的发展，生态压力相应增加，如自然资本( 即城市内部的自然资源) 急剧下降、环境承载力下降等。
水资源协调应同时考虑公平、效率和生态。如果只考虑公平，那么为了使社会主体获取相同的水资源，需要将区域水资源丰沛区域的水运输到缺水地区，这将带来过高的时间成本和资源成本，并对生态环境造成沉重负担。如果只考虑用水效率，将更多的区域水资源用于工业、制造业等以提高经济效益，那么群众，特别是农民会因为未受到公平对待而引发冲突。此外，过度利用水资源将导致生态受到***。如果只考虑保护生态环境，那么水坝修建或管道铺设将受到限制，而这种过度保护会阻碍经济发展，导致资源利用效率低下，且水资源分配不公平的困境难以解决。
水作为人类赖以生存和繁衍发展的重要前提和基础条件，其生态系统的完整性将直接决定经济发展速度与人类的生活质量。随着科学技术的快速发展以及人类开发生态自然能力的不断提升，大部分流域的生态环境均遭到了不同程度***和污染，如地貌条件 退 化、河 道 断 流、结 构 破 损、水文情势变化、水质变差等问题，区域水资源的可持续利用受到了严峻的威胁和挑战。区域水资源的开发利用与社会经济发展之间存在着相互制约、相互促进的作用关系，在一定的发展阶段某区域的水资源能够可持续承载其经济发展的水平条件为评判水资源承载力的重要条件和基础，因此需要对其承载力态势和发展状况利用资源承载和可持续理论进行分析。世界范围的水利学者和生态研究者对目前的水资源问题和生态环境开展了大量的研究
