清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留***的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用***抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。特别是支气管镜可能污染的分枝对抵抗力较强，与消化道内镜一同清洗易发生交叉污染。未来的发展若有理想的高水平***，则不需要强调不同系统的软式内镜清洗槽、内镜自动清洗消毒机分开设置。湿的导光杆会使电子接触点生锈，久而久之电子信号传送不畅而失去功能。
内镜清洗之前要进行测漏。虽然由于周转率的因素很多***都做不到每次测漏，然而还是推荐尽可能提高测漏频率。漏水对内镜造成的损害严重而不可逆。
6．软式内镜要单独清洗。若与尖锐器械或物品一同清洗，或者清洗槽有锐利的棱角都有可能将内镜划破，导致漏水。
7．内镜打弯的角度要合适。在手持或者清洗的时候打弯角度不要太小，否则易造成内镜内部折叠变形；在附件插入时又不宜打弯角度过小，蛮力塞入容易导致内部管道损伤。
8．推荐使用具有生物膜去除能力的清洗剂。研究表明软式内镜的管道结构复杂且不容易做到彻底干燥，是生物膜滋生的场所。使用针对生物膜的清洗剂能够有效降低生物膜的挑战。
彻底清洁是保证消毒效果的前提：
皮肤消毒前要视皮肤的污染情况对皮肤进行不同的清洁。对于卫生情况较好，无明显肉眼可见污物的，直接消毒即可；对于卫生条件较差，有肉眼可见的污物时，应先对待消毒区域的皮肤进行彻底的清洁和去污，再进行皮肤消毒。否则会影响消毒效果。
正确的***浓度：
***的使用浓度是指***中主要有效成分的含量。切勿将***原液错误地当做100%的浓度进行稀释使用。每种***都有其效果优、***的消毒浓度。比如乙醇在70%~75%的浓度时消毒效果佳，过高浓度的乙醇会在***表面形成一层保护膜，阻止其进入***体内，难以将***彻底。特别是支气管镜可能污染的分枝对抵抗力较强，与消化道内镜一同清洗易发生交叉污染。