影响秸秆粉碎机粉碎效果的因素主要有：锤片数目、锤片间隙、锤片厚度、筛孔直径、加工原料的水分含量和种类等多种因素。当锤片等工作部件损坏需要调整和更换时，必须按“使用说明书”的要求，分组对称安装排列，不得搞错。如果转子不平衡，不但影响生产效率，还将加剧机器的振动。传统粉碎后风运系统的风道方向安装均与粉碎机转子旋转切向方向相同。
筛片磨损严重或有破洞；锤筛间隙过大等。排除方法是：打开秸秆粉碎机机盖，检查筛片有无损坏，锤筛间隙是否合适，连接件是否松动等。能通过生产试验作粒度分析，确定适宜的筛板孔径，这将对改善粉碎物料粒度均匀性，提高粉碎效率，降低电耗与生产成本超重要作用。调整皮带紧度；锤片调头或更新锤片，更换筛片及调节锤筛间隙；喂料应遵循“均匀下料，少量快加”的原则，由少到多，直到负荷正常。
喂料器有手动、自动两种，自动喂料器有螺旋喂料器和叶轮喂料器。手动喂料器和螺旋喂料器安装合理，可以配套在小功率秸秆粉碎机上。重视粉碎系统合理的工艺设计、布置与操作，粉碎机工作时根据不同品种饲料所要求不同的粒度，选择台适的筛板孔径。粉碎作业前应用手拉动皮带，检查运动部件是否灵活，有无响声和卡滞等现象；对原料进行认真的清理，防止铁件或石块等硬物进入粉碎室。
控制好粉碎机物料的水份，保证锤片质量并有良好的工作状态，再配以自动喂料控制系统和合理有效的辅助吸风系统，粉碎作业前应用手拉动皮带，检查运动部件是否灵活，有无响声和卡滞等现象；对原料进行认真的清理，防止铁件或石块等硬物进入粉碎室。使用前，要打开机盖，检查零部件有无损坏，转子上的开口销是否完好，连接是否松动，当确认完好无损后再关牢机盖，拧紧机门上的手轮电动机功率不足，转速过低或皮带打滑；锤片严重磨损或排列不符要求，锤片与筛面间隙过大或筛孔过小；喂料不均匀或原料含水量过高。
