然而，与水溶肥产业快速发展不协调的是，大量元素水溶肥仍需“一品一证”，这并不是一项轻松的工作。每一种大量元素水溶肥从申请到***历时有长有短。有机肥等肥料冒充菌肥有机肥的生产成本、价格等都比菌肥要低，但是也会对作物的生长起到良好的作用。这让肥料企业很难迅速跟进市场需求，对肥料创新升级产生了不小的影响，还无法及时推出满足市场需求的季节性产品。而在上下游产业链中，终遭受损失的“埋单者”还是农民。
《肥料登记管理办法》于2000年出台，当时市场比较混乱，市场缺乏公平竞争，急于获利的厂家不少。、违规经营等各种现象让大量元素水溶肥市场深受其害，伤害了农民的利益。工商、质检、农业等多部门多头，但效果并没有想象中的好。
近年来，随着***加大力度打击和整顿市场秩序，市场环境已经大大改善，潜心抓生产、提质量、搞营销、做品牌的企业已经成为主流。值得一提的是，大量元素水溶肥料登记制度在当时的大背景下发挥了规范了市场生产经营秩序的作用，时至今日已经明显滞后。
水溶肥的
1.进口水溶肥效果好
现在很多水溶肥都打着进口的旗号，似乎凡是进口来的东西质量就一定很好。其实并不然，很多水溶肥其实都是国产的，为了提次谎称是进口的，并且这样还可以把价格提高很多。买了这样的肥料才真是花了大价钱买了便宜货。
而且就算真的是国外进口的肥料，也不一定就要比国产的要好。现在国产也有很多不错的水溶肥以及其他肥料厂家了，生产的产品质量也都不错。例如河北滨海农产品有限公司生产的叶虹时光微生物菌剂就是一种很好的微生物肥料。
2.螯合水溶肥
很多水溶肥都声称是"螯合水溶肥"，螯合肥料在土壤中不易被固定，易溶于水，能很好地被植物吸收利用。也可与其他固态或液态肥料混合施用不发生反应，不会降低其他肥料的肥效。
但实际上现在真正的螯合肥料很少，因为这种肥料的生产工艺较为复杂，并且价格昂贵，所以在目前还未被广泛的应用。
含水少
国外的肥料水分含量少；而国内为了降低成本，用到粉末尿素（一些直接就用颗粒尿素来粉碎），这个是吸潮的，等的，当尿素达到30%的时候，用手捏就能发现很粘了，拍掉了还会染色在手上。
使用效果
使用好的进口水溶肥，作物采收时间可延长；使用加了的水溶肥，植物会出现早衰。
价格有变动
其实很多时候，进口的肥料价格确实很高，但如同进口的一样，大部分都是把利润花在了研发上。水溶肥就是花在了试验上，前2年卖的会比较贵，第三年开始，价格就不贵了，因为成本收回去了，他们认为产品已经是老产品了，就不该太贵。