由于不同的益生菌具有稍微不同的功能，并且集中在沿着消化道的各个地方，含有多种菌株的益生菌补充剂总体上比仅含有一个或两个菌株的产品更有效。这是因为许多菌株协同作用来影响我们的健康。 虽然不同的人群需要的菌株种类不太相同，但是以下的菌株是普遍适用并经过科学论证的。 嗜酸乳 （L. acidophilus）- 这是乳属物种中的菌株，它容易在壁上定居。它支持营养吸收，有助于消化乳制品。 长双歧（B. longum）-是成年人消化道中常见的***之一，有助于保持肠壁的完整性。有时候，益生菌补充剂将包含许多不同的菌株，让消费者看起来菌株是多样性的。
益生菌必须是“活的”，才能起到健康作用，这是益生菌产生***的基础。益生菌是有生命活力的微生物，从生产(包括的筛选、生产环境、包装等)、在货架待售、食用后通过胃酸、胆汁等极端环境到达肠道——这层层考验均会消耗益生菌的活性，只有通过这些关卡并终在肠道定点繁殖存活的益生菌才能真正发挥作用。因此，有的益生菌产品虽然菌数高，但由于缺乏保护，能成功到达肠道繁殖的活菌数量其实很少。益生菌都怕热，所以使用37～40摄氏度的温水冲服，而且要随冲随服，以免放置过久益生菌失活。
把***比作是一个巨大的社区，除了我们自身的细胞外，还有生活在***内数以万亿计的微生物，以及从外部进入***的无数微小颗粒。由于我们生活中每时每刻我们都会接触到无数可能会产生的微生物，那么这时我们就要用到***内的微生物大军中的一个很强大的安全——“系统”，它能保护我们不轻易受到外界伤害。机体中存在着系统，它们不断的清除机体合成的氧化物，维持着氧化物的动态平衡。
系统具有监视、防御、调控的作用。系统（immune system）是防卫病原体的，它能发现并清除***、外来病原微生物等引起内环境波动的因素。但其功能的亢进会对自身或***产生伤害。