启动第三阶段: 这一阶段指反应器负荷超过5KgCOD/(m3.d)。在这一阶段里，絮状污泥变得迅速减少，而颗粒污泥加速形成，直到反应器内不再有絮状污泥存在。在这一阶段反应器负荷可以增加到很高，当反应器大部分被颗粒污泥充满时，其大负荷可以超过50 KgCOD/(m3.d)。衡量能否获进料量和缩短进料时间的化验指标定控制发挥性脂肪酸VFA不大于500mg/L。
利用厌氧颗粒污泥处理氯代***有机物：用能进行还原脱氯的微生物富集 物接种，在小型试验装置内成功地培养出了具有还原脱氯功能的颗粒污泥。五氯1苯1酚能被这种颗粒污泥完全脱氯并进一步分解为甲1烷和二氧化碳。四氯乙1烯和其他氯代乙1烯能被颗粒污泥还原脱氯为乙1烯。这种脱氯的颗粒污泥可用来处理含有五氯1苯1酚和氯乙1烯类的废水和地下水。
SBR中厌氧颗粒污泥向好氧颗粒污泥的转化厌氧颗粒污泥是由产甲1烷菌、产乙1酸菌和水解发酵蓖等构成的自凝聚体，其良好的沉淀性能和产甲1烷活性是升流式厌氧污泥床反应器成功的关键。颗粒污泥的化学组成和微生物相对其结构和维持起着重要作用。颗粒化过程是一个多阶段过程，取决于放心水组成、 操作条件等因素。综述了近年来厌氧颗粒污泥及其形成机理的研究进展，内容包括厌氧颗粒污泥的基本特性和微生物相、厌氧颗粒污泥结构及其颗粒化过程。
为避免泵和输泥管道的堵塞，一般都采用间歇进泥方式，即大流量、短时间内进泥。为使消化池进泥均匀，每日的进泥次数尽可能多，而且每次的进泥量要尽可能相同。为防止厌氧颗粒污泥进泥时消化池液面上升过多引起气室压力的波动，需要设置上清液溢流设施。
排泥和上清液的排放直接关系到消化池运行效果的好与坏，排泥量和上清液排放量的比值以维持消化池内污泥浓度稳定和产气量大为原则，并根据经验确定。
