调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐***、溶磷菌、光合***和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有***植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。
改善土壤生态，减少植物病虫害的发生。在生物有机肥中含有多种特别效菌，在微生物的生长繁殖过程中，能分泌出多种扛生素及植物生长的素，不但能***植物病原微生物的活动，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生长，使其根系发达，促进叶绿素、蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆性。
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生物有机肥主要来源于植物和动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功用的含碳物料，经过加工消弭了其中的******物质，富含大量有益物质，那为什么要把有机肥料制成颗粒状，与粉末相比，有什么益处呢？能够往肥料中添加一些无机的成分，进步肥效，粉状的假如添加无机成分容易吸潮和结块。施用起来便当一点，有的有机肥比重比拟轻，在大田施用的时分容易被风吹散，制成颗粒容易施用。