土壤温度：菌剂中的生物菌一般在土壤18-25℃时生命活动活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，在阴雨天大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。
土壤酸碱度：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖，土壤pH值在6.5-7.5之间时适合生物菌的繁殖。菜农可根据土壤的情况进行改善，让土壤pH值达到6.5-7.5，保证生物菌大量繁殖。
有些人觉得生物菌肥也能改善土壤索性就不管了，其实这种认知是片面的。生物菌肥并不能直接参与调节土壤酸碱度，主要作用还是利用生物菌改善微生态环境，算是土壤调理剂的一种，而土壤调理剂里面有专门调节酸碱度的，如果拿生物菌肥去调节土壤酸碱度，那就属于“大材小用”了。直接用在碱性的土壤里，也基本于是浪费了。
微生物有机肥料含有有机物质，不仅可提供作物生长所要的各类营养物质，而且能改善土壤的结构、增强土壤保水保肥能力。有机质分解后产生腐殖酸、***、生素和各种酶，改善了作物根系的营养环境，促进了作物根系及地上部分的生长发育，提高了作物对养分的吸收能力。有机质分解所产生的有机酸还可提高土壤中微量元素的有效性。
“菌美多?微生物菌剂”是北京京农克奥生物科技有限公司研制开发的一种高活性高浓度微生物菌剂。有益活性菌群高，有机载体营养足，能够解除土壤板结，改良修复土壤。适用于柑橘、柚子、脐橙、苹果、葡萄、大樱桃、梨、桃等果树，大蒜，大姜，土豆、蔬菜、瓜果、花卉、***等以及其他大田作物。
使用微生物菌剂需要注意5个事项
注意1：
氮、磷、钾总含量超过7%时与菌混合，会***菌的活性。菌与化肥混合时，一定要注意肥料中的氮、磷、钾总养分不要超过7%，一旦超过会***菌的活性，如果氮、磷、钾总养分大于7%，建议随用随混。目前，有些厂家的复合微生物菌肥中的氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，这对于一般的jun种来说，都会造成菌活性降低甚至造成部分亡。但如果厂家选用的是耐化肥的jun种，就可以保证菌肥肥效。
注意2：
不要将菌肥与杀菌剂、***和含硫的化肥(如***钾等)以及稻草灰混合用。因为这些药、肥，很容易杀生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
注意3：
对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第壹、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
注意4：
在施用方法上，建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀四***；如果是单一的微生物菌肥，建议将菌肥埋在作物根系附近，以增加肥效；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加水稀释后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
注意5：
高温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议施用微生物菌肥。