有些根际微生物能通过调控氮循环和植物激1素（如生长素等）调控植物的生长和植物的开花时间。此外，一些根际微生物能够通过激发植物对逆境条件的响应机制（如抗病反应）等增强植物对干旱、病原物入1侵等逆境环境的适应性，保护植物更好地在逆境中生存。
相对于根际微生物，叶际微生物群的研究相对较少。叶际是开放和容易变化的生境，其定植的微生物可能更多地受到空气、外界温度等因素的影响。目前发现叶际微生物之间可以进行交流（“群感效应”），实现叶际营养物质的分配和保护植物免受病原菌的入1侵。此外，叶际微生物也具有促进植物生长、分解残留农1药、固氮等的作用。
有研究表明植物的一些***的功能出现缺陷后，叶片内部的微生物群会失衡和过度繁殖，导致植物叶片会出现黄化、坏死等表型，危害植物健康。这表明植物就像人类一样，已经进化出一套遗传网络来调控微生物菌群的稳态来维持植物的健康（已有研究发现人类肠道微生物群失调也会导致多种***）。
植物***培养技术可以对多种植物进行脱毒和快繁，高1效稳定的遗传转化体系是改良植物性状和研究植物***功能过程中不可或缺的基础技术。在各种植物中，草类遗传背景复杂、进化高1级，建立其组培和遗传转化体系较为困难。