在秸秆生物发酵添加剂中， 依旧存在一些未知的或有争议的问题， 譬如两个或多个不同的微生物添加剂结合发酵时，微生物之间可能会产生拮抗作用；对于大多数混合菌体系中间菌的相互作用关系及其作用机理的研究尚不完善， 对于菌株的筛选和组合在方法上还不健全；其次酶制剂与菌混合发酵时，之间是否存在拮抗作用尚不明确还有待研究。对于以上问题，还需要从生理、代谢的角度深入研究菌株降解秸秆的作用机理和发酵产酶工艺以及菌株与发酵产物及菌株与发酵底物之间的相互作用关系和作用机制， 使得玉米秸秆资源的使用更科学、。
挖窖选择土质坚实，地势高燥，背风向阳，雨水不易冲淹的地方建造青贮窖。窖形一般有圆形与长方形之分，窖壁平直光滑，不透水，不透气。窖的宽度一般应小于深度，较好的比例是1：1．5-2，利于原料本身重量将其压实，并能降低损耗量。窖的大小应根据青贮数量及养畜头数来决定，圆形的一般直径在1．7-3米之间，深度以3- 4米为宜，底部要呈锅底形。规模养畜场宜采用长方形窖，宽度在1．7-3米之间，深度以2．3-3．3米为宜，长度随青贮数量而定。长方形窖的边角应呈圆形，以利原料的下降和压实。为减少青贮料的损失，窖底和四周应铺一层塑料薄膜。
